Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS4AQ9UN37 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms