Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC42Q96M95 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC42Q96M95 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms