Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms