Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CCDC9Q9Y3X0 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC34■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC9Q9Y3X0 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC9Q9Y3X0 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC9Q9Y3X0 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC33.82■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC33.8■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115.8 ms