Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
LIMD1Q9UGP4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.33■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMD1Q9UGP4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMD1Q9UGP4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms