Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP4Q8N3C7 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP4Q8N3C7 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
CLIP4Q8N3C7 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLIP4Q8N3C7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLIP4Q8N3C7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms