Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SKA3Q8IX90 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA3Q8IX90 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SKA3Q8IX90 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms