Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NUP54Q7Z3B4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP54Q7Z3B4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NUP54Q7Z3B4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NUP54Q7Z3B4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NUP54Q7Z3B4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms