Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SHHQ15465 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SHHQ15465 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SHHQ15465 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SHHQ15465 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHHQ15465 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHHQ15465 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHHQ15465 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHHQ15465 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHHQ15465 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHHQ15465 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHHQ15465 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHHQ15465 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHHQ15465 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
SHHQ15465 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHHQ15465 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHHQ15465 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHHQ15465 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHHQ15465 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHHQ15465 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHHQ15465 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHHQ15465 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHHQ15465 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHHQ15465 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHHQ15465 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SHHQ15465 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHHQ15465 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SHHQ15465 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHHQ15465 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SHHQ15465 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHHQ15465 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHHQ15465 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SHHQ15465 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SHHQ15465 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
SHHQ15465 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SHHQ15465 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SHHQ15465 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SHHQ15465 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SHHQ15465 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SHHQ15465 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHHQ15465 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SHHQ15465 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SHHQ15465 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SHHQ15465 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SHHQ15465 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHHQ15465 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHHQ15465 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
SHHQ15465 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHHQ15465 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHHQ15465 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
SHHQ15465 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SHHQ15465 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
SHHQ15465 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
SHHQ15465 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SHHQ15465 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SHHQ15465 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.56■■■□□ 2
SHHQ15465 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SHHQ15465 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SHHQ15465 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SHHQ15465 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SHHQ15465 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
SHHQ15465 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SHHQ15465 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SHHQ15465 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SHHQ15465 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.54■■■□□ 2
SHHQ15465 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.54■■■□□ 2
SHHQ15465 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SHHQ15465 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SHHQ15465 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SHHQ15465 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SHHQ15465 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SHHQ15465 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SHHQ15465 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SHHQ15465 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SHHQ15465 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SHHQ15465 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SHHQ15465 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
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