Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXA1P49639 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXA1P49639 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXA1P49639 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA1P49639 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXA1P49639 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 127.5 ms