Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC36.57■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.56■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.55■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC36.54■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
NPHP4O75161 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC36.49■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC36.47■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP4O75161 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC36.41■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC36.4■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC36.4■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC36.39■■■■□ 3.42
NPHP4O75161 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC36.38■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC36.38■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC36.36■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
NPHP4O75161 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC36.3■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC36.29■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
NPHP4O75161 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms