RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564172.1

GDE1-203, Transcript of glycerophosphodiester phosphodiesterase 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene GDE1, Length 2,238 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GDE1-203ENST00000564172 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.04■■■■■ 4
GDE1-203ENST00000564172 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa34.89■■■■□ 3.18
GDE1-203ENST00000564172 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP33.6■■■□□ 2.97
GDE1-203ENST00000564172 ABCC9O60706 1549 aa33.18■■■□□ 2.9
GDE1-203ENST00000564172 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.18■■■□□ 2.9
GDE1-203ENST00000564172 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa33.08■■■□□ 2.89
GDE1-203ENST00000564172 MYO15BQ96JP2 1530 aa32.74■■■□□ 2.83
GDE1-203ENST00000564172 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.62■■■□□ 2.81
GDE1-203ENST00000564172 NACADO15069 1562 aa32.57■■■□□ 2.8
GDE1-203ENST00000564172 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa32.3■■■□□ 2.76
GDE1-203ENST00000564172 SCRIBQ14160 1630 aa32.1■■■□□ 2.73
GDE1-203ENST00000564172 UNC13AQ9UPW8 1703 aa31.6■■■□□ 2.65
GDE1-203ENST00000564172 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP31.36■■■□□ 2.61
GDE1-203ENST00000564172 BICRAQ9NZM4 1560 aa31.35■■■□□ 2.61
GDE1-203ENST00000564172 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP31.32■■■□□ 2.6
GDE1-203ENST00000564172 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.15■■■□□ 2.58
GDE1-203ENST00000564172 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.04■■■□□ 2.56
GDE1-203ENST00000564172 MROH2BQ7Z745 1585 aa30.93■■■□□ 2.54
GDE1-203ENST00000564172 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP30.9■■■□□ 2.54
GDE1-203ENST00000564172 SMARCA4P51532 1647 aa30.77■■■□□ 2.52
GDE1-203ENST00000564172 WIZO95785 1651 aa30.64■■■□□ 2.5
GDE1-203ENST00000564172 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP30.42■■■□□ 2.46
GDE1-203ENST00000564172 PEG3Q9GZU2 1588 aa30.41■■■□□ 2.46
GDE1-203ENST00000564172 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa30.34■■■□□ 2.45
GDE1-203ENST00000564172 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.32■■■□□ 2.44
GDE1-203ENST00000564172 SMARCA2P51531 1590 aa30.28■■■□□ 2.44
GDE1-203ENST00000564172 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP30.14■■■□□ 2.42
GDE1-203ENST00000564172 NCAPD3P42695 1498 aa30.11■■■□□ 2.41
GDE1-203ENST00000564172 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.06■■■□□ 2.4
GDE1-203ENST00000564172 HMGXB3Q12766 1538 aa30■■■□□ 2.39
GDE1-203ENST00000564172 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa29.99■■■□□ 2.39
GDE1-203ENST00000564172 CHIC1Q5VXU3 224 aa29.96■■■□□ 2.39
GDE1-203ENST00000564172 TRIM41Q8WV44 630 aa29.48■■■□□ 2.31
GDE1-203ENST00000564172 DNAJC5BQ9UF47 199 aa29.43■■■□□ 2.3
GDE1-203ENST00000564172 CFTRP13569 1480 aa29.4■■■□□ 2.3
GDE1-203ENST00000564172 ABCC8Q09428 1581 aa29.36■■■□□ 2.29
GDE1-203ENST00000564172 CADPSQ9ULU8 1353 aa29.34■■■□□ 2.29
GDE1-203ENST00000564172 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.21■■■□□ 2.27
GDE1-203ENST00000564172 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP29.18■■■□□ 2.26
GDE1-203ENST00000564172 PRDM2Q13029 1718 aa29.11■■■□□ 2.25
GDE1-203ENST00000564172 NESP48681 1621 aa29.1■■■□□ 2.25
GDE1-203ENST00000564172 SYNJ1O43426 1573 aa29.06■■■□□ 2.24
GDE1-203ENST00000564172 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa29.05■■■□□ 2.24
GDE1-203ENST00000564172 FANCD2Q9BXW9 1451 aa28.99■■■□□ 2.23
GDE1-203ENST00000564172 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP28.95■■■□□ 2.22
GDE1-203ENST00000564172 TOP2BQ02880 1626 aa28.95■■■□□ 2.22
GDE1-203ENST00000564172 CUX1P39880 1505 aa28.92■■■□□ 2.22
GDE1-203ENST00000564172 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa28.89■■■□□ 2.22
GDE1-203ENST00000564172 PDS5BQ9NTI5 1447 aa28.87■■■□□ 2.21
GDE1-203ENST00000564172 SOGA1O94964 1423 aa28.83■■■□□ 2.21
GDE1-203ENST00000564172 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa28.82■■■□□ 2.2
GDE1-203ENST00000564172 CEP164Q9UPV0 1460 aa28.8■■■□□ 2.2
GDE1-203ENST00000564172 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa28.73■■■□□ 2.19
GDE1-203ENST00000564172 EEA1Q15075 1411 aa28.71■■■□□ 2.19
GDE1-203ENST00000564172 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa28.68■■■□□ 2.18
GDE1-203ENST00000564172 DNMBPQ6XZF7 1577 aa28.67■■■□□ 2.18
GDE1-203ENST00000564172 TOPBP1Q92547 1522 aa28.65■■■□□ 2.18
GDE1-203ENST00000564172 CSRNP3Q8WYN3 585 aa28.63■■■□□ 2.17
GDE1-203ENST00000564172 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP28.63■■■□□ 2.17
GDE1-203ENST00000564172 FGD5Q6ZNL6 1462 aa28.63■■■□□ 2.17
GDE1-203ENST00000564172 MYT1Q01538 1121 aa28.61■■■□□ 2.17
GDE1-203ENST00000564172 EHMT2Q96KQ7 1210 aa28.54■■■□□ 2.16
GDE1-203ENST00000564172 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP28.52■■■□□ 2.16
GDE1-203ENST00000564172 KIF27Q86VH2 1401 aa28.49■■■□□ 2.15
GDE1-203ENST00000564172 MRC2Q9UBG0 1479 aa28.48■■■□□ 2.15
GDE1-203ENST00000564172 ERCC6Q03468 1493 aa28.45■■■□□ 2.14
GDE1-203ENST00000564172 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa28.44■■■□□ 2.14
GDE1-203ENST00000564172 CUX2O14529 1486 aa28.43■■■□□ 2.14
GDE1-203ENST00000564172 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.37■■■□□ 2.13
GDE1-203ENST00000564172 WDR62O43379 1518 aa28.32■■■□□ 2.12
GDE1-203ENST00000564172 KIF21BO75037 1637 aa28.31■■■□□ 2.12
GDE1-203ENST00000564172 GOLGA3Q08378 1498 aa28.31■■■□□ 2.12
GDE1-203ENST00000564172 IGF1RP08069 1367 aa28.28■■■□□ 2.12
GDE1-203ENST00000564172 PRXQ9BXM0 1461 aa28.27■■■□□ 2.12
GDE1-203ENST00000564172 UBTFP17480 764 aaKnown RBP28.25■■■□□ 2.11
GDE1-203ENST00000564172 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP28.25■■■□□ 2.11
GDE1-203ENST00000564172 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa28.23■■■□□ 2.11
GDE1-203ENST00000564172 TNIKQ9UKE5 1360 aa28.23■■■□□ 2.11
GDE1-203ENST00000564172 WDR97A6NE52 1622 aa28.22■■■□□ 2.11
GDE1-203ENST00000564172 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP28.21■■■□□ 2.11
GDE1-203ENST00000564172 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
GDE1-203ENST00000564172 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.16■■■□□ 2.1
GDE1-203ENST00000564172 IFT140Q96RY7 1462 aa28.13■■■□□ 2.09
GDE1-203ENST00000564172 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa28.12■■■□□ 2.09
GDE1-203ENST00000564172 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.11■■■□□ 2.09
GDE1-203ENST00000564172 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.11■■■□□ 2.09
GDE1-203ENST00000564172 CEP162Q5TB80 1403 aa28.06■■■□□ 2.08
GDE1-203ENST00000564172 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.02■■■□□ 2.08
GDE1-203ENST00000564172 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP27.99■■■□□ 2.07
GDE1-203ENST00000564172 CUL7Q14999 1698 aa27.97■■■□□ 2.07
GDE1-203ENST00000564172 HRCP23327 699 aa27.92■■■□□ 2.06
GDE1-203ENST00000564172 GRIN2BQ13224 1484 aa27.9■■■□□ 2.06
GDE1-203ENST00000564172 CLIP1P30622 1438 aa27.88■■■□□ 2.05
GDE1-203ENST00000564172 PBRM1Q86U86 1689 aa27.87■■■□□ 2.05
GDE1-203ENST00000564172 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP27.84■■■□□ 2.05
GDE1-203ENST00000564172 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP27.83■■■□□ 2.05
GDE1-203ENST00000564172 FHAD1B1AJZ9 1412 aa27.8■■■□□ 2.04
GDE1-203ENST00000564172 ADAMTS12P58397 1594 aa27.75■■■□□ 2.03
GDE1-203ENST00000564172 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa27.72■■■□□ 2.03
GDE1-203ENST00000564172 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP27.66■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40.4 ms