RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469694.5

GPC1-208, Transcript of glypican 1, humanhuman

TSL 2

Gene GPC1, Length 2,862 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GPC1-208ENST00000469694 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.75■■■□□ 2.35
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GPC1-208ENST00000469694 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
GPC1-208ENST00000469694 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.96■■□□□ 1.59
GPC1-208ENST00000469694 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.94■■□□□ 1.58
GPC1-208ENST00000469694 ABCC9O60706 1549 aa24.39■■□□□ 1.49
GPC1-208ENST00000469694 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.37■■□□□ 1.49
GPC1-208ENST00000469694 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP24.13■■□□□ 1.45
GPC1-208ENST00000469694 MYO15BQ96JP2 1530 aa23.92■■□□□ 1.42
GPC1-208ENST00000469694 SCRIBQ14160 1630 aa23.92■■□□□ 1.42
GPC1-208ENST00000469694 NACADO15069 1562 aa23.82■■□□□ 1.4
GPC1-208ENST00000469694 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa23.6■■□□□ 1.37
GPC1-208ENST00000469694 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.3■■□□□ 1.32
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GPC1-208ENST00000469694 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP23.2■■□□□ 1.3
GPC1-208ENST00000469694 UNC13AQ9UPW8 1703 aa23.2■■□□□ 1.3
GPC1-208ENST00000469694 HRCP23327 699 aa23.17■■□□□ 1.3
GPC1-208ENST00000469694 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.12■■□□□ 1.29
GPC1-208ENST00000469694 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.08■■□□□ 1.29
GPC1-208ENST00000469694 BICRAQ9NZM4 1560 aa22.99■■□□□ 1.27
GPC1-208ENST00000469694 WIZO95785 1651 aa22.94■■□□□ 1.26
GPC1-208ENST00000469694 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.89■■□□□ 1.25
GPC1-208ENST00000469694 SMARCA4P51532 1647 aa22.79■■□□□ 1.24
GPC1-208ENST00000469694 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.59■■□□□ 1.21
GPC1-208ENST00000469694 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP22.58■■□□□ 1.21
GPC1-208ENST00000469694 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP22.55■■□□□ 1.2
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GPC1-208ENST00000469694 TRIM41Q8WV44 630 aa22.49■■□□□ 1.19
GPC1-208ENST00000469694 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.48■■□□□ 1.19
GPC1-208ENST00000469694 SMARCA2P51531 1590 aa22.42■■□□□ 1.18
GPC1-208ENST00000469694 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.41■■□□□ 1.18
GPC1-208ENST00000469694 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa22.4■■□□□ 1.18
GPC1-208ENST00000469694 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.36■■□□□ 1.17
GPC1-208ENST00000469694 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.33■■□□□ 1.17
GPC1-208ENST00000469694 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.3■■□□□ 1.16
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GPC1-208ENST00000469694 ABCC8Q09428 1581 aa22.21■■□□□ 1.15
GPC1-208ENST00000469694 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.2■■□□□ 1.14
GPC1-208ENST00000469694 NCAPD3P42695 1498 aa22.07■■□□□ 1.12
GPC1-208ENST00000469694 HMGXB3Q12766 1538 aa21.99■■□□□ 1.11
GPC1-208ENST00000469694 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP21.93■■□□□ 1.1
GPC1-208ENST00000469694 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
GPC1-208ENST00000469694 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa21.91■■□□□ 1.1
GPC1-208ENST00000469694 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.9■■□□□ 1.1
GPC1-208ENST00000469694 SOGA1O94964 1423 aa21.87■■□□□ 1.09
GPC1-208ENST00000469694 SYNJ1O43426 1573 aa21.82■■□□□ 1.08
GPC1-208ENST00000469694 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.81■■□□□ 1.08
GPC1-208ENST00000469694 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa21.81■■□□□ 1.08
GPC1-208ENST00000469694 CFTRP13569 1480 aa21.71■■□□□ 1.07
GPC1-208ENST00000469694 DNAJC5BQ9UF47 199 aa21.68■■□□□ 1.06
GPC1-208ENST00000469694 MYT1Q01538 1121 aa21.67■■□□□ 1.06
GPC1-208ENST00000469694 CSRNP3Q8WYN3 585 aa21.66■■□□□ 1.06
GPC1-208ENST00000469694 CADPSQ9ULU8 1353 aa21.62■■□□□ 1.05
GPC1-208ENST00000469694 TOP2BQ02880 1626 aa21.57■■□□□ 1.04
GPC1-208ENST00000469694 CUX1P39880 1505 aa21.56■■□□□ 1.04
GPC1-208ENST00000469694 EEA1Q15075 1411 aa21.55■■□□□ 1.04
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GPC1-208ENST00000469694 NESP48681 1621 aa21.52■■□□□ 1.04
GPC1-208ENST00000469694 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21.49■■□□□ 1.03
GPC1-208ENST00000469694 CEP162Q5TB80 1403 aa21.41■■□□□ 1.02
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GPC1-208ENST00000469694 GOLGA3Q08378 1498 aa21.4■■□□□ 1.02
GPC1-208ENST00000469694 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
GPC1-208ENST00000469694 TNIKQ9UKE5 1360 aa21.4■■□□□ 1.02
GPC1-208ENST00000469694 PRDM2Q13029 1718 aa21.39■■□□□ 1.02
GPC1-208ENST00000469694 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
GPC1-208ENST00000469694 CEP164Q9UPV0 1460 aa21.36■■□□□ 1.01
GPC1-208ENST00000469694 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa21.36■■□□□ 1.01
GPC1-208ENST00000469694 NEUROD1Q13562 356 aa21.3■■□□□ 1
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GPC1-208ENST00000469694 KIF21BO75037 1637 aa21.29■■□□□ 1
GPC1-208ENST00000469694 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP21.29■■□□□ 1
GPC1-208ENST00000469694 KIF27Q86VH2 1401 aa21.28■■□□□ 1
GPC1-208ENST00000469694 CUX2O14529 1486 aa21.25■□□□□ 0.99
GPC1-208ENST00000469694 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa21.22■□□□□ 0.99
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GPC1-208ENST00000469694 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.19■□□□□ 0.98
GPC1-208ENST00000469694 TOPBP1Q92547 1522 aa21.18■□□□□ 0.98
GPC1-208ENST00000469694 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa21.18■□□□□ 0.98
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GPC1-208ENST00000469694 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.08■□□□□ 0.96
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GPC1-208ENST00000469694 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP20.95■□□□□ 0.94
GPC1-208ENST00000469694 ARAP1Q96P48 1450 aa20.9■□□□□ 0.94
GPC1-208ENST00000469694 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP20.88■□□□□ 0.93
GPC1-208ENST00000469694 APLP2Q06481 763 aa20.85■□□□□ 0.93
GPC1-208ENST00000469694 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa20.85■□□□□ 0.93
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GPC1-208ENST00000469694 GAPVD1Q14C86 1478 aa20.83■□□□□ 0.93
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