RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428962.2

THBS3-202, Transcript of thrombospondin 3, humanhuman

TSL 2

Gene THBS3, Length 1,833 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
THBS3-202ENST00000428962 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.37■■■□□ 2.29
THBS3-202ENST00000428962 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa25.34■■□□□ 1.65
THBS3-202ENST00000428962 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP24.82■■□□□ 1.56
THBS3-202ENST00000428962 ABCC9O60706 1549 aa24.56■■□□□ 1.52
THBS3-202ENST00000428962 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.45■■□□□ 1.5
THBS3-202ENST00000428962 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.29■■□□□ 1.48
THBS3-202ENST00000428962 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.06■■□□□ 1.44
THBS3-202ENST00000428962 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.83■■□□□ 1.41
THBS3-202ENST00000428962 MYO15BQ96JP2 1530 aa23.76■■□□□ 1.39
THBS3-202ENST00000428962 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa23.54■■□□□ 1.36
THBS3-202ENST00000428962 NACADO15069 1562 aa23.48■■□□□ 1.35
THBS3-202ENST00000428962 SCRIBQ14160 1630 aa23.41■■□□□ 1.34
THBS3-202ENST00000428962 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.12■■□□□ 1.29
THBS3-202ENST00000428962 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.03■■□□□ 1.28
THBS3-202ENST00000428962 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP22.96■■□□□ 1.27
THBS3-202ENST00000428962 UNC13AQ9UPW8 1703 aa22.9■■□□□ 1.26
THBS3-202ENST00000428962 BICRAQ9NZM4 1560 aa22.8■■□□□ 1.24
THBS3-202ENST00000428962 CECR2Q9BXF3 1484 aa22.76■■□□□ 1.23
THBS3-202ENST00000428962 DNAJC5BQ9UF47 199 aa22.73■■□□□ 1.23
THBS3-202ENST00000428962 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.72■■□□□ 1.23
THBS3-202ENST00000428962 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.66■■□□□ 1.22
THBS3-202ENST00000428962 WIZO95785 1651 aa22.58■■□□□ 1.21
THBS3-202ENST00000428962 SMARCA4P51532 1647 aa22.46■■□□□ 1.19
THBS3-202ENST00000428962 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
THBS3-202ENST00000428962 TRIM41Q8WV44 630 aa22.37■■□□□ 1.17
THBS3-202ENST00000428962 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP22.26■■□□□ 1.15
THBS3-202ENST00000428962 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.26■■□□□ 1.15
THBS3-202ENST00000428962 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa22.18■■□□□ 1.14
THBS3-202ENST00000428962 SMARCA2P51531 1590 aa22.18■■□□□ 1.14
THBS3-202ENST00000428962 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.14■■□□□ 1.14
THBS3-202ENST00000428962 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.13■■□□□ 1.13
THBS3-202ENST00000428962 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP21.97■■□□□ 1.11
THBS3-202ENST00000428962 PCGF6Q9BYE7 350 aa21.97■■□□□ 1.11
THBS3-202ENST00000428962 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa21.9■■□□□ 1.1
THBS3-202ENST00000428962 ABCC8Q09428 1581 aa21.89■■□□□ 1.1
THBS3-202ENST00000428962 HRCP23327 699 aa21.89■■□□□ 1.09
THBS3-202ENST00000428962 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
THBS3-202ENST00000428962 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP21.82■■□□□ 1.08
THBS3-202ENST00000428962 EEA1Q15075 1411 aa21.75■■□□□ 1.07
THBS3-202ENST00000428962 NCAPD3P42695 1498 aa21.7■■□□□ 1.06
THBS3-202ENST00000428962 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.68■■□□□ 1.06
THBS3-202ENST00000428962 HMGXB3Q12766 1538 aa21.66■■□□□ 1.06
THBS3-202ENST00000428962 EHMT2Q96KQ7 1210 aa21.64■■□□□ 1.06
THBS3-202ENST00000428962 SOGA1O94964 1423 aa21.6■■□□□ 1.05
THBS3-202ENST00000428962 SYNJ1O43426 1573 aa21.56■■□□□ 1.04
THBS3-202ENST00000428962 CSRNP3Q8WYN3 585 aa21.51■■□□□ 1.03
THBS3-202ENST00000428962 TNIKQ9UKE5 1360 aa21.5■■□□□ 1.03
THBS3-202ENST00000428962 GOLGA3Q08378 1498 aa21.47■■□□□ 1.03
THBS3-202ENST00000428962 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa21.46■■□□□ 1.03
THBS3-202ENST00000428962 CEP162Q5TB80 1403 aa21.45■■□□□ 1.02
THBS3-202ENST00000428962 TOP2BQ02880 1626 aa21.43■■□□□ 1.02
THBS3-202ENST00000428962 KIF21BO75037 1637 aa21.42■■□□□ 1.02
THBS3-202ENST00000428962 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21.41■■□□□ 1.02
THBS3-202ENST00000428962 CEP164Q9UPV0 1460 aa21.4■■□□□ 1.02
THBS3-202ENST00000428962 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.34■■□□□ 1.01
THBS3-202ENST00000428962 UBTFP17480 764 aaKnown RBP21.32■■□□□ 1
THBS3-202ENST00000428962 CFTRP13569 1480 aa21.31■■□□□ 1
THBS3-202ENST00000428962 PRDM2Q13029 1718 aa21.29■■□□□ 1
THBS3-202ENST00000428962 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP21.24■□□□□ 0.99
THBS3-202ENST00000428962 CUX1P39880 1505 aa21.21■□□□□ 0.99
THBS3-202ENST00000428962 ERCC6Q03468 1493 aa21.2■□□□□ 0.98
THBS3-202ENST00000428962 NESP48681 1621 aa21.19■□□□□ 0.98
THBS3-202ENST00000428962 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.15■□□□□ 0.98
THBS3-202ENST00000428962 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa21.15■□□□□ 0.98
THBS3-202ENST00000428962 CLIP1P30622 1438 aa21.14■□□□□ 0.97
THBS3-202ENST00000428962 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa21.11■□□□□ 0.97
THBS3-202ENST00000428962 CADPSQ9ULU8 1353 aa21.1■□□□□ 0.97
THBS3-202ENST00000428962 KIF27Q86VH2 1401 aa21.09■□□□□ 0.97
THBS3-202ENST00000428962 PRXQ9BXM0 1461 aa21.08■□□□□ 0.97
THBS3-202ENST00000428962 VPS8Q8N3P4 1428 aa21.05■□□□□ 0.96
THBS3-202ENST00000428962 CUX2O14529 1486 aa21.04■□□□□ 0.96
THBS3-202ENST00000428962 PDS5BQ9NTI5 1447 aa21.03■□□□□ 0.96
THBS3-202ENST00000428962 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP20.91■□□□□ 0.94
THBS3-202ENST00000428962 FANCD2Q9BXW9 1451 aa20.9■□□□□ 0.94
THBS3-202ENST00000428962 APLP2Q06481 763 aa20.89■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 FGD5Q6ZNL6 1462 aa20.88■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP20.88■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa20.87■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 DNMBPQ6XZF7 1577 aa20.84■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 ARAP1Q96P48 1450 aa20.83■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP20.83■□□□□ 0.93
THBS3-202ENST00000428962 MRC2Q9UBG0 1479 aa20.79■□□□□ 0.92
THBS3-202ENST00000428962 IGF1RP08069 1367 aa20.78■□□□□ 0.92
THBS3-202ENST00000428962 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP20.78■□□□□ 0.92
THBS3-202ENST00000428962 TOPBP1Q92547 1522 aa20.74■□□□□ 0.91
THBS3-202ENST00000428962 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa20.72■□□□□ 0.91
THBS3-202ENST00000428962 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa20.71■□□□□ 0.91
THBS3-202ENST00000428962 WDR62O43379 1518 aa20.71■□□□□ 0.91
THBS3-202ENST00000428962 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa20.7■□□□□ 0.9
THBS3-202ENST00000428962 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP20.68■□□□□ 0.9
THBS3-202ENST00000428962 CUL7Q14999 1698 aa20.64■□□□□ 0.89
THBS3-202ENST00000428962 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa20.63■□□□□ 0.89
THBS3-202ENST00000428962 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa20.61■□□□□ 0.89
THBS3-202ENST00000428962 WDR97A6NE52 1622 aa20.59■□□□□ 0.89
THBS3-202ENST00000428962 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP20.58■□□□□ 0.89
THBS3-202ENST00000428962 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP20.57■□□□□ 0.88
THBS3-202ENST00000428962 MAP3K1Q13233 1512 aa20.57■□□□□ 0.88
THBS3-202ENST00000428962 FHAD1B1AJZ9 1412 aa20.52■□□□□ 0.87
THBS3-202ENST00000428962 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP20.52■□□□□ 0.87
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