RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000368020.5

USF1-202, Transcript of upstream transcription factor 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USF1, Length 1,717 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1-202ENST00000368020 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.98■■■□□ 2.55
USF1-202ENST00000368020 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.27■■□□□ 1.96
USF1-202ENST00000368020 ABCC9O60706 1549 aa26.03■■□□□ 1.76
USF1-202ENST00000368020 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.94■■□□□ 1.74
USF1-202ENST00000368020 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.72■■□□□ 1.71
USF1-202ENST00000368020 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.61■■□□□ 1.69
USF1-202ENST00000368020 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.58■■□□□ 1.69
USF1-202ENST00000368020 NACADO15069 1562 aa25.51■■□□□ 1.67
USF1-202ENST00000368020 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.36■■□□□ 1.65
USF1-202ENST00000368020 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25■■□□□ 1.59
USF1-202ENST00000368020 SCRIBQ14160 1630 aa24.87■■□□□ 1.57
USF1-202ENST00000368020 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.76■■□□□ 1.55
USF1-202ENST00000368020 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.56■■□□□ 1.52
USF1-202ENST00000368020 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.44■■□□□ 1.55e-6■■■■□ 22.2
USF1-202ENST00000368020 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
USF1-202ENST00000368020 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.04■■□□□ 1.44
USF1-202ENST00000368020 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.98■■□□□ 1.43
USF1-202ENST00000368020 SMARCA4P51532 1647 aa23.89■■□□□ 1.41
USF1-202ENST00000368020 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.86■■□□□ 1.41
USF1-202ENST00000368020 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.86■■□□□ 1.41
USF1-202ENST00000368020 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.85■■□□□ 1.41
USF1-202ENST00000368020 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.69■■□□□ 1.38
USF1-202ENST00000368020 SMARCA2P51531 1590 aa23.64■■□□□ 1.38
USF1-202ENST00000368020 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.63■■□□□ 1.37
USF1-202ENST00000368020 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.62■■□□□ 1.37
USF1-202ENST00000368020 WIZO95785 1651 aa23.62■■□□□ 1.37
USF1-202ENST00000368020 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa23.6■■□□□ 1.37
USF1-202ENST00000368020 NCAPD3P42695 1498 aa23.55■■□□□ 1.36
USF1-202ENST00000368020 HMGXB3Q12766 1538 aa23.47■■□□□ 1.35
USF1-202ENST00000368020 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.45■■□□□ 1.34
USF1-202ENST00000368020 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.43■■□□□ 1.34
USF1-202ENST00000368020 DNAJC5BQ9UF47 199 aa23.35■■□□□ 1.33
USF1-202ENST00000368020 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.15■■□□□ 1.3
USF1-202ENST00000368020 TRIM41Q8WV44 630 aa22.94■■□□□ 1.26
USF1-202ENST00000368020 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.88■■□□□ 1.25
USF1-202ENST00000368020 CFTRP13569 1480 aa22.88■■□□□ 1.25
USF1-202ENST00000368020 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.8■■□□□ 1.24
USF1-202ENST00000368020 PRDM2Q13029 1718 aa22.72■■□□□ 1.23
USF1-202ENST00000368020 NESP48681 1621 aa22.71■■□□□ 1.23
USF1-202ENST00000368020 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.66■■□□□ 1.22
USF1-202ENST00000368020 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.64■■□□□ 1.21
USF1-202ENST00000368020 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.59■■□□□ 1.21
USF1-202ENST00000368020 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.5■■□□□ 1.19
USF1-202ENST00000368020 ABCC8Q09428 1581 aa22.49■■□□□ 1.19
USF1-202ENST00000368020 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.47■■□□□ 1.19
USF1-202ENST00000368020 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.46■■□□□ 1.19
USF1-202ENST00000368020 EEA1Q15075 1411 aa22.43■■□□□ 1.18
USF1-202ENST00000368020 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.42■■□□□ 1.18
USF1-202ENST00000368020 ERCC6Q03468 1493 aa22.41■■□□□ 1.18
USF1-202ENST00000368020 CUX1P39880 1505 aa22.35■■□□□ 1.17
USF1-202ENST00000368020 TOP2BQ02880 1626 aa22.34■■□□□ 1.17
USF1-202ENST00000368020 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.34■■□□□ 1.17
USF1-202ENST00000368020 SYNJ1O43426 1573 aa22.33■■□□□ 1.17
USF1-202ENST00000368020 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.32■■□□□ 1.16
USF1-202ENST00000368020 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.32■■□□□ 1.16
USF1-202ENST00000368020 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.31■■□□□ 1.16
USF1-202ENST00000368020 TOPBP1Q92547 1522 aa22.3■■□□□ 1.16
USF1-202ENST00000368020 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.28■■□□□ 1.16
USF1-202ENST00000368020 WDR62O43379 1518 aa22.25■■□□□ 1.15
USF1-202ENST00000368020 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP22.25■■□□□ 1.15
USF1-202ENST00000368020 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.25■■□□□ 1.15
USF1-202ENST00000368020 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.18■■□□□ 1.14
USF1-202ENST00000368020 SOGA1O94964 1423 aa22.16■■□□□ 1.14
USF1-202ENST00000368020 HRCP23327 699 aa22.15■■□□□ 1.14
USF1-202ENST00000368020 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.15■■□□□ 1.14
USF1-202ENST00000368020 CSRNP3Q8WYN3 585 aa22.11■■□□□ 1.13
USF1-202ENST00000368020 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.1■■□□□ 1.13
USF1-202ENST00000368020 GOLGA3Q08378 1498 aa22.08■■□□□ 1.13
USF1-202ENST00000368020 KIF21BO75037 1637 aa22.08■■□□□ 1.12
USF1-202ENST00000368020 CUX2O14529 1486 aa22.06■■□□□ 1.12
USF1-202ENST00000368020 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.03■■□□□ 1.12
USF1-202ENST00000368020 IFT140Q96RY7 1462 aa22.02■■□□□ 1.12
USF1-202ENST00000368020 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.02■■□□□ 1.12
USF1-202ENST00000368020 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.01■■□□□ 1.11
USF1-202ENST00000368020 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
USF1-202ENST00000368020 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.01■■□□□ 1.11
USF1-202ENST00000368020 CEP162Q5TB80 1403 aa21.99■■□□□ 1.11
USF1-202ENST00000368020 WDR97A6NE52 1622 aa21.96■■□□□ 1.11
USF1-202ENST00000368020 KIF27Q86VH2 1401 aa21.96■■□□□ 1.11
USF1-202ENST00000368020 UBTFP17480 764 aaKnown RBP21.87■■□□□ 1.09
USF1-202ENST00000368020 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
USF1-202ENST00000368020 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.85■■□□□ 1.09
USF1-202ENST00000368020 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.84■■□□□ 1.09
USF1-202ENST00000368020 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.84■■□□□ 1.09
USF1-202ENST00000368020 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.83■■□□□ 1.08
USF1-202ENST00000368020 IGF1RP08069 1367 aa21.79■■□□□ 1.08
USF1-202ENST00000368020 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.79■■□□□ 1.083e-7■■■■■ 35.2
USF1-202ENST00000368020 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.76■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 GRIN2BQ13224 1484 aa21.75■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.75■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 PRXQ9BXM0 1461 aa21.73■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa21.73■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 PBRM1Q86U86 1689 aa21.71■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 CLIP1P30622 1438 aa21.7■■□□□ 1.07
USF1-202ENST00000368020 CUL7Q14999 1698 aa21.68■■□□□ 1.06
USF1-202ENST00000368020 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa21.67■■□□□ 1.06
USF1-202ENST00000368020 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.65■■□□□ 1.06
USF1-202ENST00000368020 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.62■■□□□ 1.05
USF1-202ENST00000368020 VPS8Q8N3P4 1428 aa21.61■■□□□ 1.05
USF1-202ENST00000368020 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.6■■□□□ 1.05
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