RNA–Protein interactions for RNA: YAL013W

DEP1, Transcript of Component of the Rpd3L histone deacetylase complex, yeast

Gene DEP1, Length 1,218 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
DEP1	YAL013W	SWD3	P38123	315 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	GEP4	P38812	185 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	11.97	□□□□□ -0.49	not detected
DEP1	YAL013W	PRM5	P40476	318 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	YGR210C	P42942	411 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	HNT2	P49775	206 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	CRZ1	P53968	678 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	THI74	Q04083	370 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	COA4	Q05809	96 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	PRM4	Q12498	284 aa		11.97	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	RPS23A	P0CX29	145 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	RPS23B	P0CX30	145 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	VMA3	P25515	160 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	SUA5	P32579	426 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	POP2	P39008	433 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	SOL1	P50278	321 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	SKO1	Q02100	647 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	CAB5	Q03941	241 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	YDR286C	Q05530	114 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	MED4	Q12343	284 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	WHI5	Q12416	295 aa		11.96	□□□□□ -0.49
DEP1	YAL013W	YCR061W	P25639	631 aa		11.95	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	SWD2	P36104	329 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	UBP8	P50102	471 aa		11.95	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	UPS1	Q05776	175 aa		11.95	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	FEX2	Q08991	375 aa		11.95	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	VAM3	Q12241	283 aa		11.95	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	QCR2	P07257	368 aa		11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	FUS3	P16892	353 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YCK3	P39962	524 aa		11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	ECM27	P47144	725 aa		11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	MRPL22	P53881	309 aa		11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	PRM15	Q03262	622 aa		11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YPR108W-A	Q3E7B3	70 aa		11.94	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	TPI1	P00942	248 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	CKA1	P15790	372 aa		11.93	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	RMD6	P39975	231 aa		11.93	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	GON7	P46984	123 aa		11.93	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	SLX9	P53251	210 aa	Predicted RBP	11.93	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	TFB5	Q3E7C1	72 aa	Predicted RBP	11.93	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	SHM2	P37291	469 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	NTC20	P38302	140 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	LAG1	P38703	411 aa		11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	RPA34	P47006	233 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	SED1	Q01589	338 aa		11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YPL067C	Q02754	198 aa		11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YGL194C-A	Q2V2P6	80 aa		11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	ATG40	Q99325	256 aa		11.92	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	DAL80	P26343	269 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	MTR2	P34232	184 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	PHM8	P40025	321 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	BMT5	P40493	336 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YNL092W	P53934	400 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	ASM4	Q05166	528 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YTH1	Q06102	208 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	FEX1	Q08913	375 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	TFC7	Q12415	435 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YOR192C-C	Q3E736	78 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YBR298C-A	Q8TGK4	73 aa		11.91	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YML003W	P0CF16	290 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	SEC22	P22214	214 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YUH1	P35127	236 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	PRS3	P38689	320 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	COS8	P38723	381 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	SYG1	P40528	902 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	ORM2	Q06144	216 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	YOL118C	Q08259	102 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	FCY22	Q12119	530 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	WTM2	Q12206	467 aa		11.9	□□□□□ -0.5
DEP1	YAL013W	VMA8	P32610	256 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	SWM2	P40342	146 aa		11.89	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YCT1	Q12235	531 aa		11.89	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	RTR2	Q12378	196 aa		11.89	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	SPS100	P13130	326 aa		11.88	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YNL046W	P53956	172 aa		11.88	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	FIT1	Q04433	528 aa		11.88	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YLR108C	Q12259	485 aa		11.88	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YKL107W	P34251	309 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	SIT1	P39980	628 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YIR035C	P40579	254 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	SNX4	P47057	423 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	PEF1	P53238	335 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	DMA2	P53924	522 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YDR114C	Q04597	100 aa		11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	ALG6	Q12001	544 aa	Known RBP	11.87	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	ERG2	P32352	222 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	MRP20	P32387	263 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	MNS1	P32906	549 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	PAC2	P39937	518 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	IRC24	P40580	263 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	LIP2	Q06005	328 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	ANT1	Q06497	328 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	FMP16	Q12497	93 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	HUG1	Q6Q5K6	68 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	ISN1	Q99312	450 aa		11.86	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	RPL39	P04650	51 aa		11.85	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	TIP1	P27654	210 aa	Predicted RBP	11.85	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	ECM14	P38836	430 aa		11.85	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	TAD2	P47058	250 aa		11.85	□□□□□ -0.51
DEP1	YAL013W	YOR292C	Q08743	309 aa		11.85	□□□□□ -0.51

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 25.9 ms