RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	VTA1	Q06263	330 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YLR108C	Q12259	485 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RTP1	Q12751	981 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HIS4	P00815	799 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RPI1	P23250	407 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	LDB16	P25587	256 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ARO2	P28777	376 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	APE2	P32454	952 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PRP21	P32524	280 aa	Predicted RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SDH3	P33421	198 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	VHC1	P38329	1120 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	LAM5	P43560	674 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ECM27	P47144	725 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RPA49	Q01080	415 aa	Predicted RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	TSR1	Q07381	788 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	TMS1	Q12116	473 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PKH2	Q12236	1081 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RAD61	Q99359	647 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	INH1	P01097	85 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RIP1	P08067	215 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SPS22	P25380	463 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	TIP1	P27654	210 aa	Predicted RBP	2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ERG3	P32353	365 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YEL045C	P32616	141 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	STB6	P36085	766 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MRPL4	P36517	319 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RIB5	P38145	238 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PTH1	P38876	190 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MST28	P39552	234 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	WWM1	P43582	211 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	DLD2	P46681	530 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	TOF1	P53840	1238 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YIF1	P53845	314 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SIL1	Q08199	421 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	TIM18	Q08749	192 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YPR022C	Q12139	1133 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YOL159C-A	Q3E769	90 aa		2.63	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SUP35	P05453	685 aa	Known RBP	2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	CLB3	P24870	427 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SAS3	P34218	831 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HCS1	P34243	683 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ARA1	P38115	344 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YHR054C	P38780	354 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	REE1	P40893	198 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SAS2	P40963	338 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	NCA3	P46955	337 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	FMS1	P50264	508 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MDM1	Q01846	1127 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MRPL35	Q06678	367 aa		2.62	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	CDC31	P06704	161 aa	Known RBP	2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	CLC1	P17891	233 aa		2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PRE5	P40302	234 aa	Known RBP	2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PRM5	P40476	318 aa		2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SYF1	Q04048	859 aa	Predicted RBP	2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PAL1	Q05518	499 aa	Known RBP	2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YLR287C	Q05881	355 aa		2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SGT1	Q08446	395 aa		2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RRG7	Q08774	242 aa	Predicted RBP	2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PGA3	Q12746	312 aa	Known RBP	2.61	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	CLN3	P13365	580 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SEC63	P14906	663 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ITR1	P30605	584 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RML2	P32611	393 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SWD3	P38123	315 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MTC6	P38849	526 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	LYS1	P38998	373 aa	RIP-Chip data	2.6	□□□□□ -1.99	not detected
CSE4	YKL049C	FAA2	P39518	744 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YJR011C	P47086	261 aa	Predicted RBP	2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SDT1	P53078	280 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YNR048W	P53740	393 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	FRE4	P53746	719 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HXT11	P54862	567 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ADD37	Q03233	198 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	VPS72	Q03388	795 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HER2	Q03557	464 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PPM1	Q04081	328 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RRP45	Q05636	305 aa	Known RBP	2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	REX4	Q08237	289 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SFI1	Q12369	946 aa		2.6	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ARG4	P04076	463 aa	Predicted RBP	2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PET123	P17558	318 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ISY1	P21374	235 aa	Predicted RBP	2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SIN4	P32259	974 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	PIM1	P36775	1133 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RFC3	P38629	340 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	GPD2	P41911	440 aa	Known RBP	2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RPS0B	P46654	252 aa	Known RBP	2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HMS2	P47175	358 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YMR181C	Q03231	154 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	TMC1	Q08422	150 aa	Predicted RBP	2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	VAM3	Q12241	283 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HSP42	Q12329	375 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HRT3	Q12347	344 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ADH2	P00331	348 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
CSE4	YKL049C	TEF1	P02994	458 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
CSE4	YKL049C	SRV2	P17555	526 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
CSE4	YKL049C	SLY1	P22213	666 aa		2.58	□□□□□ -2
CSE4	YKL049C	DAL2	P25335	343 aa		2.58	□□□□□ -2
CSE4	YKL049C	LSB5	P25369	354 aa		2.58	□□□□□ -2
CSE4	YKL049C	CDC60	P26637	1090 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2

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