RNA–Protein interactions for RNA: YHR120W

MSH1, Transcript of DNA-binding protein of the mitochondria, yeast

Gene MSH1, Length 2,880 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
MSH1	YHR120W	LSM3	P57743	89 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RHO3	Q00245	231 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SKI8	Q02793	397 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RSM24	Q03976	319 aa		4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	HPT1	Q04178	221 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	STP3	Q05937	343 aa		4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PST1	Q12355	444 aa		4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	GPR1	Q12361	961 aa		4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SKM1	Q12469	655 aa		4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SAS5	Q99314	248 aa		4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	HRP1	Q99383	534 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	POL4	P25615	582 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	NRP1	P32770	719 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.88	□□□□□ -1.63	not detected
MSH1	YHR120W	CDC13	P32797	924 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SOL2	P37262	315 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	IRC5	P43610	853 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YNL095C	P53932	642 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YNL033W	P53964	284 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YNL019C	P53975	284 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SED5	Q01590	340 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	GOT1	Q03554	138 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YDR061W	Q12298	539 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YDR262W	Q12331	272 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	CSF1	Q12150	2958 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MDM35	O60200	86 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MET8	P15807	274 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	CLN2	P20438	545 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PTP2	P29461	750 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PTM1	P32857	523 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	WBP1	P33767	430 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	NTR2	P36118	322 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	TRM7	P38238	310 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YHL012W	P38709	493 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MEP1	P40260	492 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	LRO1	P40345	661 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RIC1	P40395	1056 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	CLD1	P53264	445 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SPO20	Q04359	397 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	ERB1	Q04660	807 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	GYP1	Q08484	637 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	UAF30	Q08747	228 aa		4.88	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	CDC21	P06785	304 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RVS161	P25343	265 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RPS5	P26783	225 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	VMA6	P32366	345 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	CYS4	P32582	507 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MGM101	P32787	269 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	NPL6	P32832	435 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	UGP1	P32861	499 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RIB7	P33312	244 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PTC1	P35182	281 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	ROT2	P38138	954 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RIM11	P38615	370 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YHR033W	P38690	423 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SPF1	P39986	1215 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YFR020W	P43600	232 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MPS3	P47069	682 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	GCV1	P48015	400 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MTR3	P48240	250 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RPA14	P50106	137 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	GTR2	P53290	341 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	REX2	P54964	269 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	TAF12	Q03761	539 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	CSN9	Q03981	162 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	HER1	Q12276	1246 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MDY2	Q12285	212 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SUL2	Q12325	893 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	COX6	P00427	148 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YCK2	P23292	546 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	BUD23	P25627	275 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	DOM34	P33309	386 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SKN1	P33336	771 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YHR127W	P38833	243 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	LYS1	P38998	373 aa	RIP-Chip data	4.87	□□□□□ -1.63	not detected
MSH1	YHR120W	CFD1	P40558	293 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	STB2	P46679	850 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	COS12	P53053	380 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SGF73	P53165	657 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	ARE2	P53629	642 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PRP38	Q00723	242 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	NTO1	Q12311	748 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YPL247C	Q12523	523 aa		4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	BRR2	P32639	2163 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RHO1	P06780	209 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	DAL82	P21705	255 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PET309	P32522	965 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SSE2	P32590	693 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	SPC42	P36094	363 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	PEX18	P38855	283 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MGS1	P40151	587 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MPS2	P53159	387 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RMI1	Q02685	241 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YML131W	Q03102	365 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	GPI17	Q04080	534 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	MCM21	Q06675	368 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	VAM6	Q07468	1049 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	YLL054C	Q12244	843 aa		4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	AHA1	Q12449	350 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	RRP12	Q12754	1228 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
MSH1	YHR120W	VCX1	Q99385	411 aa		4.86	□□□□□ -1.63

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