RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	SPN1	Q06505	410 aa	Predicted RBP	3.4	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	CYK3	Q07533	885 aa		3.4	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YDL242W	Q07746	117 aa		3.4	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	LCB4	Q12246	624 aa		3.4	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	FRE7	Q12333	620 aa		3.4	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	VPS8	P39702	1274 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	NMD5	P46970	1048 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	NET1	P47035	1189 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	TEP1	P53916	434 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	AAT1	Q01802	451 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	MET14	Q02196	202 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YML053C	Q04978	212 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	MLC2	Q06580	163 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	AIM6	Q07716	390 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YLR111W	Q12528	110 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	Q0010	Q9ZZX9	128 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	GAL1	P04385	528 aa		3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	URE2	P23202	354 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	FRD1	P32614	470 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	STT3	P39007	718 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PSA1	P41940	361 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	CIR1	P42940	261 aa		3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SNO3	P43544	222 aa		3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ESF2	P53743	316 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YPL071C	Q02864	156 aa		3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PLM2	Q04383	521 aa		3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PNO1	Q99216	274 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ATP4	P05626	244 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	KGD2	P19262	463 aa	Predicted RBP	3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PTP2	P29461	750 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	APM3	P38153	483 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SAP1	P39955	897 aa	Known RBP	3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	HIS6	P40545	261 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RSC9	Q03124	581 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	TPO3	Q06451	622 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	BRE1	Q07457	700 aa	Known RBP	3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	NYV1	Q12255	253 aa		3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PRS5	Q12265	496 aa	Known RBP	3.37	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YEF3	P16521	1044 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SIR1	P21691	654 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PDE1	P22434	369 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	KES1	P35844	434 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RPF2	P36160	344 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	CAB2	P40506	365 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SNM1	P40993	198 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	QRI7	P43122	407 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	GLO1	P50107	326 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YNL058C	P53947	316 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	IDP3	P53982	420 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	MOT3	P54785	490 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ERG13	P54839	491 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	STP1	Q00947	519 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	HIM1	Q06674	414 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ICL2	Q12031	575 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RTC1	Q08281	1341 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	PIF1	P07271	859 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	MSS18	P08593	268 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	POL3	P15436	1097 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SWC3	P31376	625 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SIP1	P32578	815 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	FTH1	P38310	465 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ARA2	Q04212	335 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	EIS1	Q05050	843 aa	Known RBP	3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	IWR1	Q07532	353 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YOL057W	Q08225	711 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YOR389W	Q08912	624 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YPL191C	Q08930	360 aa		3.35	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ADE3	P07245	946 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RIT1	P23796	513 aa		3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	MCM3	P24279	971 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	VBA2	P38358	474 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	IMD2	P38697	523 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	NOP2	P40991	618 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	IMD3	P50095	523 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YPL108W	Q02872	168 aa	Predicted RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	SNU56	Q03782	492 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RAD34	Q06665	692 aa		3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	ICT1	Q12385	394 aa		3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	YBR255C-A	Q3E776	120 aa		3.34	□□□□□ -1.87
CSE4	YKL049C	CET1	O13297	549 aa	Predicted RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	SES1	P07284	462 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	MIS1	P09440	975 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	YMR085W	P0CF18	432 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	YAP1	P19880	650 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	MAK32	P23060	363 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	SWI4	P25302	1093 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	MSH1	P25846	959 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	TMT1	P32643	299 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	ERC1	P38767	581 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	SPC72	P39723	622 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	VPS27	P40343	622 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	GAT1	P43574	510 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	IRC7	P43623	340 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	NPA3	P47122	385 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	CPR6	P53691	371 aa	Known RBP	3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	YAT1	P80235	687 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	SEC5	P89102	971 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CSE4	YKL049C	ATG21	Q02887	496 aa		3.33	□□□□□ -1.88

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