RNA–Protein interactions for RNA: YHR170W

NMD3, Transcript of Protein involved in nuclear export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene NMD3, Length 1,557 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NMD3	YHR170W	FYV8	P46949	817 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SDH1	Q00711	640 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	UME1	Q03010	460 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	RSC58	Q07979	502 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	HIF1	Q12373	385 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	GLT1	Q12680	2145 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	CAN1	P04817	590 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SPO12	P17123	173 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PRO1	P32264	428 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TFC4	P33339	1025 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MTC2	P34246	357 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PTC7	P38797	343 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PIK1	P39104	1066 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SAD1	P43589	448 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	CCM1	P48237	864 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ESF2	P53743	316 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SEC5	P89102	971 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ERP4	Q12450	207 aa		4.89	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TUP1	P16649	713 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	HSP60	P19882	572 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	RPC53	P25441	422 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	XRS2	P33301	854 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TVP38	P36164	337 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	FLR1	P38124	548 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	GGA2	P38817	585 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	GEM1	P39722	662 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	VFA1	P40080	203 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SEC9	P40357	651 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	GTS1	P40956	396 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	LCB2	P40970	561 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TAD1	P53065	400 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TAM41	P53230	385 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	UTP8	P53276	713 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TFB2	Q02939	513 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YLR287C	Q05881	355 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MED7	Q08278	222 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	HMI1	Q12039	706 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MED1	Q12321	566 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	LPX1	Q12405	387 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TRM11	Q12463	433 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	VPS13	Q07878	3144 aa		4.88	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PPR1	P07272	904 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PCK1	P10963	549 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TCP1	P12612	559 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MSH2	P25847	964 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	HBS1	P32769	611 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YSC83	P32792	385 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ATG19	P35193	415 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ABZ1	P37254	787 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	UBP13	P38187	747 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YEL025C	P39991	1188 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	GUS1	P46655	708 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.87	□□□□□ -1.63	not detected
NMD3	YHR170W	STU2	P46675	888 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YCG1	Q06680	1035 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MLH2	Q07980	695 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ACM1	Q08981	209 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YLL058W	Q12198	575 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	BI4	P03879	638 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MAS2	P11914	482 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PET123	P17558	318 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PRE10	P21242	288 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.87	□□□□□ -1.63	not detected
NMD3	YHR170W	ARE1	P25628	610 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	APL1	P27351	700 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	EAF5	P39995	279 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	HMF1	P40037	129 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	CAF130	P53280	1122 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	RTT102	P53330	157 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	BRE5	P53741	515 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ERG5	P54781	538 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TIM8	P57744	87 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	COQ9	Q05779	260 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	VPS38	Q05919	439 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	EAF1	Q06337	982 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	YLR001C	Q07895	862 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SMC5	Q08204	1093 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TY3A-G	Q12173	290 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TY3A-I	Q99219	290 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	RIF1	P29539	1916 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	LAA1	P39526	2014 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ATP4	P05626	244 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	MTF2	P10849	440 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	POX1	P13711	748 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	KIN82	P25341	720 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	COT1	P32798	439 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	RGT1	P32862	1170 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	NIP100	P33420	868 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	STO1	P34160	861 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	EFM2	P38347	419 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	KSP1	P38691	1029 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	CCC2	P38995	1004 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ALR2	P43553	858 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	PSP2	P50109	593 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	INP52	P50942	1183 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ENV11	P53246	860 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	CUR1	Q06469	252 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	IES4	Q08561	116 aa		4.86	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	TOM70	P07213	617 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63

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