RNA–Protein interactions for RNA: YLR211C

ATG38, Transcript of Homodimeric subunit of autophagy-specific PtdIns-3-kinase complex I, yeast

Gene ATG38, Length 681 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG38	YLR211C	ERG5	P54781	538 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	GUP2	Q08929	609 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	ENV7	Q12003	364 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	SEC21	P32074	935 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	YIL108W	P40483	696 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	SPO75	Q07798	868 aa		5.05	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	TRM13	Q12383	476 aa		5.05	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	CIT1	P00890	479 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	CAD1	P24813	409 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	ARE1	P25628	610 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	CTF8	P38877	133 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	SDP1	P40479	209 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	TIM54	P47045	478 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	CTF4	Q01454	927 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	YKR011C	Q02209	353 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	TAF8	Q03750	510 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	TUB3	P09734	445 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	RFA1	P22336	621 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	URA1	P28272	314 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	CDC11	P32458	415 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	BET3	P36149	193 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	CEP3	P40969	608 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	NOP7	P53261	605 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	YLR040C	Q07988	224 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	AIM39	Q08223	395 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG38	YLR211C	HSP60	P19882	572 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	PRP4	P20053	465 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	EFT1	P32324	842 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	RTA1	P53047	317 aa		5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	HUL5	P53119	910 aa		5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YGR125W	P53273	1036 aa		5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	OSH2	Q12451	1283 aa		5.02	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	GYP8	P43570	497 aa		5.01	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	UBP6	P43593	499 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	FLC1	Q08967	793 aa		5.01	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	TRP4	P07285	380 aa	Predicted RBP	5	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	MPH2	P0CD99	609 aa		5	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	VPS30	Q02948	557 aa		5	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	BDF2	Q07442	638 aa		5	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	RSP5	P39940	809 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	PEX19	Q07418	342 aa		4.99	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YOL073C	Q08232	322 aa		4.99	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	ERG4	P25340	473 aa		4.98	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YCL002C	P25565	263 aa		4.98	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YJL049W	P47048	450 aa		4.98	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	MRPS35	P53292	345 aa		4.98	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YGR283C	P53336	341 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	HAL9	Q12180	1030 aa		4.98	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	CAN1	P04817	590 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	DAL7	P21826	554 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	RAD53	P22216	821 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	CTF13	P35203	478 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YHR078W	P38799	552 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	LRS4	Q04087	347 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	YDL124W	Q07551	312 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
ATG38	YLR211C	RPS9A	O13516	197 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	CYS3	P31373	394 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	EMC3	P36039	253 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	KTR4	P38131	464 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	MOH1	P38191	138 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	SUL1	P38359	859 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	TY4A-J	P47023	414 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	URN1	Q06525	465 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	HUL4	P40985	892 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	TAD1	P53065	400 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	NOG2	P53742	486 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	NSE3	Q05541	303 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	PPM2	Q08282	695 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	YOR022C	Q12204	715 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	TAD3	Q9URQ3	322 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	TOM70	P07213	617 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	VHR1	P40522	640 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.94	□□□□□ -1.62	not detected
ATG38	YLR211C	ASI2	P53895	289 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	SWM1	Q12379	170 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	TRM11	Q12463	433 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	OAR1	P35731	278 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	ALG2	P43636	503 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	PUS2	P53167	370 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	ALG7	P07286	448 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	RPP1	P38786	293 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	HXT16	P47185	567 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	NIT3	P49954	291 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	MUK1	Q02866	612 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	MUS81	Q04149	632 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	ASM4	Q05166	528 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	CDC53	Q12018	815 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	GPR1	Q12361	961 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	FKH2	P41813	862 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	SSY5	P47002	699 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	RNT1	Q02555	471 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	YMR206W	Q03695	313 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	MET7	Q08645	548 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	THI21	Q08975	551 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG38	YLR211C	PHR1	P05066	565 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.9	□□□□□ -1.63	not detected
ATG38	YLR211C	PPR1	P07272	904 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ERR1	P0CX10	437 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ERR2	P0CX11	437 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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