RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	SAK1	P38990	1142 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NUP60	P39705	539 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	IOC3	P43596	787 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YLR346C	Q06139	101 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	GNT1	Q12096	491 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PRP16	P15938	1071 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	TUP1	P16649	713 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SPE2	P21182	396 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	OPI1	P21957	404 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CLB4	P24871	460 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ISF1	P32488	338 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HCS1	P34243	683 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	BLI1	P35727	113 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ATG32	P40458	529 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	EMP47	P43555	445 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	GCD14	P46959	383 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PTK2	P47116	818 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ECL1	P48235	211 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	OCA1	P50946	238 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	COP1	P53622	1201 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	OPT2	Q06593	877 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ATG9	Q12142	997 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RIO1	Q12196	484 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	BPT1	P14772	1559 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ESP1	Q03018	1630 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ENO2	P00925	437 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RPA135	P22138	1203 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SMY2	P32909	740 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	APD1	P38281	316 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	UTP18	P40362	594 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ILM1	P47155	203 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SHE10	P53075	577 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CAF130	P53280	1122 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SDA1	P53313	767 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YNL058C	P53947	316 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	TAF8	Q03750	510 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	FAR8	Q05040	523 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	COG4	Q06096	861 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	POL1	P13382	1468 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	STE11	P23561	717 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	TRK2	P28584	889 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PPH3	P32345	308 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HSP78	P33416	811 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	MRP8	P35719	219 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RTS1	P38903	757 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SPT8	P38915	602 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	FTR1	P40088	404 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HYR1	P40581	163 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	GCN20	P43535	752 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YGL242C	P53066	181 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RTC4	P53850	401 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ESBP6	P53918	673 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	BET4	Q00618	327 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	POB3	Q04636	552 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SMD2	Q06217	110 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	OMS1	Q06668	471 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YCF1	P39109	1515 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HIS3	P06633	220 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	LEU1	P07264	779 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SSC1	P0CS90	654 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	STE6	P12866	1290 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	GLY1	P37303	387 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ETP1	P38748	585 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ARB1	P40024	610 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YTA6	P40328	754 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ATG3	P40344	310 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ALG2	P43636	503 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	VPS53	P47061	822 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NPA3	P47122	385 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CWH41	P53008	833 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NRD1	P53617	575 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.84	□□□□□ -1.63	not detected
PRP28	YDR243C	ESF2	P53743	316 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ECM11	Q04110	302 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YKU80	Q04437	629 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	EIS1	Q05050	843 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	APC11	Q12157	165 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SRF1	Q12516	437 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HEM1	P09950	548 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	TIF1	P10081	395 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	GCD2	P12754	651 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	PMR1	P13586	950 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	PDB1	P32473	366 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	PEP12	P32854	288 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	YBR242W	P38331	238 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	PIH1	P38768	344 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	LIN1	P38852	340 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	YHB1	P39676	399 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	TMN3	P40071	706 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	STB1	P42845	420 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	IML2	P47031	731 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	POL32	P47110	350 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	SEC5	P89102	971 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	MFM1	Q02783	413 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	CWC15	Q03772	175 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	TAP42	Q04372	366 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	RRN11	Q04712	507 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	HRQ1	Q05549	1077 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	NNT1	Q05874	261 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	NOP12	Q08208	459 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PRP28	YDR243C	RKM1	Q08961	583 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 7.3 ms