Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SDC1P18827 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SDC1P18827 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
SDC1P18827 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
SDC1P18827 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms