Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms