Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS4AQ9UN37 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms