Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms