Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS29Q9UBQ0 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms