Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
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USP53Q70EK8 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
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