Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPUSD4Q96CM3 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms