Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 FASTK-214ENST00000483953 1178 ntTSL 517.31■□□□□ 0.362e-8■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 FASTK-209ENST00000469237 1904 ntTSL 516.55■□□□□ 0.242e-8■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 MUT-201ENST00000274813 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.451e-6■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 PICALM-208ENST00000528256 563 ntTSL 45.02□□□□□ -1.612e-7■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 IGF2BP2-209ENST00000493302 358 ntTSL 56.99□□□□□ -1.295e-7■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 BAG6-257ENST00000462875 972 ntTSL 216.58■□□□□ 0.249e-10■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 SLC2A1-205ENST00000475162 598 ntTSL 512.96□□□□□ -0.335e-7■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 NONO-211ENST00000473525 1430 ntTSL 59.27□□□□□ -0.933e-12■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 NELFCD-209ENST00000486263 708 ntTSL 212.47□□□□□ -0.419e-13■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 IFT140-206ENST00000565298 4727 ntTSL 218.2■□□□□ 0.54e-9■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 IFT140-208ENST00000566818 722 ntTSL 317.16■□□□□ 0.344e-9■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.164e-9■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.064e-9■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 IFT140-202ENST00000397417 4023 ntTSL 510.07□□□□□ -0.84e-9■■■■■ 31.8
SF3B4Q15427 SNRPG-203ENST00000429728 566 ntTSL 28.19□□□□□ -1.14e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 SNRPG-201ENST00000272348 625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.34□□□□□ -1.234e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 SNRPG-206ENST00000454893 527 ntTSL 3 BASIC4.08□□□□□ -1.764e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ANTXR2-208ENST00000506286 773 ntTSL 35.68□□□□□ -1.57e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ANTXR2-209ENST00000514959 579 ntTSL 22.16□□□□□ -2.067e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PIPOX-208ENST00000580241 1772 ntTSL 517.71■□□□□ 0.431e-16■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PIPOX-210ENST00000583215 1829 ntTSL 516.05■□□□□ 0.161e-16■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.111e-16■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PIPOX-204ENST00000469082 760 ntTSL 511.14□□□□□ -0.631e-16■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PIPOX-205ENST00000484308 1038 ntTSL 310.78□□□□□ -0.681e-16■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ADSS-202ENST00000462358 932 ntTSL 54.55□□□□□ -1.681e-8■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-202ENST00000357271 2050 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.562e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-210ENST00000407526 2279 ntTSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-209ENST00000406641 2700 ntTSL 5 BASIC9.15□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-204ENST00000398812 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.83□□□□□ -12e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-203ENST00000398810 4785 ntTSL 1 (best) BASIC8.7□□□□□ -1.022e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 GRB10-207ENST00000402578 4760 ntTSL 1 (best) BASIC7.82□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ACADVL-216ENST00000578824 720 ntTSL 29.56□□□□□ -0.882e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 RFWD3-205ENST00000572610 572 ntTSL 1 (best)6.64□□□□□ -1.352e-10■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 HNRNPH1-236ENST00000519958 885 ntTSL 511.09□□□□□ -0.632e-11■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 BRD2-210ENST00000481259 667 ntTSL 34.59□□□□□ -1.675e-11■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 SREBF1-211ENST00000476994 591 ntTSL 215.64■□□□□ 0.094e-12■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 NMU-204ENST00000509371 283 ntTSL 1 (best)2.77□□□□□ -1.977e-10■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 MDC1-207ENST00000492462 819 ntTSL 310.64□□□□□ -0.712e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ALOX5-201ENST00000374391 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ALOX5-208ENST00000612635 1945 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ALOX5-207ENST00000542434 2390 ntTSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.562e-6■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 SH3TC1-211ENST00000507123 554 ntTSL 1 (best)15.37■□□□□ 0.053e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.033e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 SH3TC1-209ENST00000504822 259 ntTSL 414.74□□□□□ -0.053e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ANXA7-201ENST00000372919 2174 ntTSL 1 (best)11□□□□□ -0.653e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ANXA7-202ENST00000372921 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.833e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 XPO5-209ENST00000488195 868 ntTSL 48.74□□□□□ -1.012e-19■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 XPO5-207ENST00000455854 3629 ntTSL 27.79□□□□□ -1.162e-19■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-216ENST00000531897 785 ntTSL 520.39■□□□□ 0.859e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.719e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.319e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-217ENST00000531951 973 ntTSL 316.86■□□□□ 0.299e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.059e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.019e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-205ENST00000524570 1934 ntTSL 214.23□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-221ENST00000533162 761 ntTSL 313.64□□□□□ -0.239e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-212ENST00000528320 922 ntTSL 213.61□□□□□ -0.239e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-207ENST00000526459 1003 ntTSL 213.55□□□□□ -0.249e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-215ENST00000529999 867 ntTSL 312.84□□□□□ -0.359e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-209ENST00000527197 1559 ntTSL 5 BASIC12.63□□□□□ -0.399e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-211ENST00000527744 1007 ntTSL 211.8□□□□□ -0.529e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-204ENST00000456095 1736 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.549e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 PUF60-210ENST00000527584 547 ntTSL 27.6□□□□□ -1.197e-8■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 ATP2A2-206ENST00000547792 541 ntTSL 48.95□□□□□ -0.981e-9■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.362e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 NOP53-212ENST00000600410 4185 ntTSL 216.68■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 31.7
SF3B4Q15427 INTS10-218ENST00000523869 528 ntTSL 513.22□□□□□ -0.294e-7■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 PPP2R5D-205ENST00000470467 2567 ntTSL 1 (best)14.16□□□□□ -0.148e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 SNHG3-202ENST00000437681 2614 ntTSL 2 BASIC10.52□□□□□ -0.731e-33■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 SNHG3-201ENST00000413987 2201 ntTSL 1 (best)9.01□□□□□ -0.971e-33■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 POLG-221ENST00000637238 3022 ntTSL 511.09□□□□□ -0.631e-9■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 POLG-222ENST00000637264 3153 ntTSL 510.75□□□□□ -0.691e-9■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 MIR6793-201ENST00000612376 63 ntBASIC5.48□□□□□ -1.537e-10■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.562e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.532e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.052e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.022e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.312e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 BCAT2-203ENST00000545387 1272 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.362e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 USP7-207ENST00000563085 3194 ntTSL 25.57□□□□□ -1.522e-6■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.111e-7■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AC011530.1-203ENST00000597712 432 ntTSL 213.71□□□□□ -0.211e-7■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AC011530.1-202ENST00000596586 397 ntAPPRIS P5 TSL 212.63□□□□□ -0.391e-7■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AC011530.1-204ENST00000595946 321 ntAPPRIS ALT2 TSL 212.63□□□□□ -0.391e-7■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 CEP131-207ENST00000573053 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 518.67■□□□□ 0.582e-6■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AKNA-204ENST00000374075 5038 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.182e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.22e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AKNA-201ENST00000223791 4414 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.18□□□□□ -0.462e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 AKNA-202ENST00000307564 7380 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.512e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 KIAA0319L-206ENST00000461312 670 ntTSL 57.93□□□□□ -1.143e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 KIAA0319L-217ENST00000485551 4398 ntTSL 27□□□□□ -1.293e-8■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 KIAA0319L-210ENST00000473423 420 ntTSL 26.86□□□□□ -1.315e-12■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.715e-18■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 ORMDL1-206ENST00000458355 914 ntTSL 317.48■□□□□ 0.395e-18■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 NCL-205ENST00000453992 964 ntTSL 417.43■□□□□ 0.385e-18■■■■■ 31.6
SF3B4Q15427 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.035e-18■■■■■ 31.6
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 1402.6 ms