Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC42Q96M95 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC42Q96M95 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC42Q96M95 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
CCDC42Q96M95 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
CCDC42Q96M95 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms