Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP53Q70EK8 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP53Q70EK8 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP53Q70EK8 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms