Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP39Q53GS9 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
USP39Q53GS9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP39Q53GS9 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms