Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL8A1P27658 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL8A1P27658 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL8A1P27658 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms