Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ERCC4Q92889 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms