Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SF3A1Q15459 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SF3A1Q15459 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms