Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
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