Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms