Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN1BQ07699 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms