Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF1P22415 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF1P22415 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF1P22415 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF1P22415 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF1P22415 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF1P22415 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF1P22415 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USF1P22415 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms