Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms