Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP4Q13107 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
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