Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms