Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5B0

CTDP1, RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 961 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDP1Q9Y5B0 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CTDP1Q9Y5B0 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CTDP1Q9Y5B0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CTDP1Q9Y5B0 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CTDP1Q9Y5B0 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CTDP1Q9Y5B0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms