Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCAL1Q9NZC9 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms