Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLIP3Q96DZ5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CLIP3Q96DZ5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLIP3Q96DZ5 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLIP3Q96DZ5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms