Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP4Q13107 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP4Q13107 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP4Q13107 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP4Q13107 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
USP4Q13107 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP4Q13107 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP4Q13107 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP4Q13107 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP4Q13107 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP4Q13107 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP4Q13107 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP4Q13107 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP4Q13107 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP4Q13107 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP4Q13107 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP4Q13107 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP4Q13107 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP4Q13107 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP4Q13107 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP4Q13107 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP4Q13107 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP4Q13107 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP4Q13107 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP4Q13107 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
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