Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NKX3-2P78367 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX3-2P78367 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NKX3-2P78367 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
NKX3-2P78367 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NKX3-2P78367 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX3-2P78367 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms