Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDLRP01130 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDLRP01130 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDLRP01130 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDLRP01130 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDLRP01130 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDLRP01130 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDLRP01130 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDLRP01130 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDLRP01130 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDLRP01130 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDLRP01130 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDLRP01130 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDLRP01130 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDLRP01130 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDLRP01130 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LDLRP01130 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LDLRP01130 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LDLRP01130 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LDLRP01130 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LDLRP01130 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LDLRP01130 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LDLRP01130 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LDLRP01130 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LDLRP01130 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LDLRP01130 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LDLRP01130 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LDLRP01130 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LDLRP01130 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LDLRP01130 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LDLRP01130 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LDLRP01130 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LDLRP01130 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LDLRP01130 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LDLRP01130 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LDLRP01130 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LDLRP01130 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LDLRP01130 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LDLRP01130 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LDLRP01130 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LDLRP01130 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LDLRP01130 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LDLRP01130 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LDLRP01130 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LDLRP01130 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LDLRP01130 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LDLRP01130 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LDLRP01130 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LDLRP01130 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LDLRP01130 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LDLRP01130 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LDLRP01130 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LDLRP01130 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LDLRP01130 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LDLRP01130 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LDLRP01130 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LDLRP01130 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LDLRP01130 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LDLRP01130 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LDLRP01130 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LDLRP01130 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LDLRP01130 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LDLRP01130 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LDLRP01130 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LDLRP01130 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LDLRP01130 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LDLRP01130 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LDLRP01130 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LDLRP01130 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LDLRP01130 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LDLRP01130 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LDLRP01130 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LDLRP01130 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LDLRP01130 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LDLRP01130 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LDLRP01130 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LDLRP01130 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LDLRP01130 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LDLRP01130 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LDLRP01130 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LDLRP01130 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
LDLRP01130 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LDLRP01130 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LDLRP01130 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LDLRP01130 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LDLRP01130 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LDLRP01130 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 188.7 ms