Protein–RNA interactions for Protein: O60264

SMARCA5, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 5, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,052 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA5O60264 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31.78■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC31.78■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
SMARCA5O60264 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.75■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC31.73■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC31.7■■■□□ 2.67
SMARCA5O60264 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC31.68■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC31.64■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC31.64■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC31.64■■■□□ 2.66
SMARCA5O60264 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC31.63■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC31.62■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC31.62■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC31.61■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.61■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC31.6■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
SMARCA5O60264 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC31.52■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
SMARCA5O60264 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
SMARCA5O60264 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
SMARCA5O60264 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
SMARCA5O60264 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
SMARCA5O60264 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms